La actividad investigativa de la Facultad de Filosofía y Letras sustenta una trayectoria de más de seis lustros dedicados a la reflexión y el estudio del pensamiento filosófico y la cultura colombiana y latinoamericana, a través de sus programas de Licenciatura en Filosofía y Letras, Maestría en Filosofía Latinoamericana y Doctorado en Filosofía.  

La Facultad cuenta con cuatro grandes líneas activas, desarrolladas por tres grupos de investigación, a saber: Pensamiento filosófico en Colombia y América Latina: Grupo Fray Bartolomé de Las Casas O.P.; Lenguaje y Literatura; Educación, pedagogía y didáctica: Grupo Fray Antón de Montesinos O.P.;  Filosofía, Ciencia, Religión y arte: Grupo San Alberto Magno O.P.  Estas líneas se encuentran articuladas a su vez con los énfasis de cada uno de los Programas. Los grupos cuentan con un número de docentes investigadores, pertenecientes a la Facultad, con proyectos particulares que se desarrollan desde el doctorado, la maestría o la licenciatura, cuya coordinación de investigación velan porque los estudiantes inscriban sus trabajos de grado en proyectos generados dentro de los grupos.