La actividad investigativa de la Facultad de Filosofía y Letras sustenta una trayectoria de más de seis lustros dedicados a la reflexión y el estudio del pensamiento filosófico y la cultura colombiana y latinoamericana, a través de sus programas de Licenciatura en Filosofía y Lengua Castellana, Maestría en Filosofía latinoamericana y, actualmente, Maestría en Estudios Literarios y Doctorado en Filosofía. Desde su fundación en 1981, el Centro de investigaciones Fray Bartolomé de Las Casas, ha coordinado la actividad investigativa de la Facultad en todas sus modalidades y niveles, especialmente en lo referente a los proyectos de los investigadores y grupos de investigación, en torno al propósito de pensar la realidad colombiana y latinoamericana, como horizonte y objeto de reflexión de la Facultad. Sin negar las necesarias crisis que llevaron a diversos replanteamientos y transformaciones, hasta hoy se ha articulado la investigación, de acuerdo con los lineamientos institucionales, según un modelo dinámico que presenta una estructura jerarquizada de Programa, Líneas Medulares, Líneas Activas y Proyectos.

El programa de investigación, adoptado por la Facultad de Filosofía y Letras, toma como objeto de estudio el desarrollo del pensamiento filosófico y pedagógico en Colombia y Latinoamérica, a la vez que indaga por los lenguajes existentes en las culturas de los pueblos latinoamericanos. Se denomina: Pensamiento y Culturas en Colombia y América Latina, en diálogo con la tradición filosófica.

La Facultad cuenta con cinco grandes líneas activas, desarrolladas por sendos grupos de investigación, a saber: Pensamiento filosófico en Colombia y América Latina: Grupo Fray Bartolomé de Las Casas O.P. Lenguajes y universos simbólicos en Colombia y América Latina: Grupo Fray Antón de Montesinos O.P. Filosofía de la Educación en Colombia y América Latina: Grupo Fray Saturnino Gutiérrez O.P. Relaciones entre Razón, Ciencia y Religión: Grupo San Alberto Magno O.P. Ontología Latinoamericana: Grupo Tlamatinime. Estas líneas se encuentran articuladas a su vez con los énfasis y las líneas de cada uno de los Programas. Los grupos cuentan con un número de docentes investigadores, pertenecientes a la Facultad, con proyectos particulares que se desarrollan desde el doctorado, las maestrías o la licenciatura, cuyas coordinaciones de investigación velan porque los estudiantes inscriban sus trabajos de grado en proyectos generados dentro de los grupos.

En ese mismo orden de ideas, se inscriben los esfuerzos realizados desde años atrás, por consolidar las redes académicas e investigativas Chaski, sobre Ontología, Philcol, sobre pensamiento filosófico en Colombia, y Nuevas perspectivas de la Cultura, que integra doctorados de diversos países latinoamericanos.

Por último, un avance importante con relación al impacto social que la Universidad quiere lograr con la investigación, ha sido la articulación de proyectos de algunos grupos, con las prácticas pedagógicas y la apropiación social del conocimiento a través de la organización de eventos que congregan diversos sectores de la sociedad y comunidades educativas locales y regionales, lo que se constituye en una forma propia de la Proyección Social de la Facultad y de sus Programas.